安徽中医药大学党政办公室是由党委办公室、学校办公室、法治工作办公室、校友会办公室组成，是学校综合型职能机构，内设综合管理科、文秘科、督办科、机要科和法治科。

校党政办公室主要承担着参与学校政务、管理有关事务、做好上下服务和对外联络的任务。负责协助校党政领导处理学校日常工作，协调党政各部门的工作关系；负责起草综合性文件材料，审核以学校党委和行政名义上报和发布（出）的各类文件；承担综合性调研任务，做好信息搜集和处理工作；负责学校党委和行政召开的各类会议的会务工作，做好会议记录和会议纪要；负责全校性重要活动的组织、协调和准备工作，做好有关接待工作；负责学校的文电处理，信函报刊收发，印章管理和保密、信访工作；负责学校综合性统计工作；负责全校通讯、电话管理工作；负责学校对外联络、接待和有关服务工作；办公室实行主任负责制。办公室主任主持党办、校办、校友办全面工作，对工作负领导责任；副主任是主任的助手，在主任的领导下分管部分工作，对主任负责。各科室负责人、办事员为工作人员，工作人员在主任、副主任的领导下工作，对主任、副主任负责。办公室全体人员实行定岗位、定职责、一专多能、相互配合的工作机制。